Botnety działają na zasadzie hierarchicznej struktury, w której jeden lub kilka serwerów kontroluje wiele botów. Serwer kontrolny wysyła instrukcje do botów, które następnie wykonują określone zadania, takie jak wysyłanie spamu, przeprowadzanie ataków DDoS, kradzież danych lub instalowanie dodatkowego oprogramowania szpiegującego. W przypadku ataku DDoS, botnety mogą wykorzystać setki tysięcy botów, aby jednocześnie zaatakować jedną stronę internetową, co powoduje jej zawieszenie lub wyłączenie.